特定非営利活動法人（NPO法人）、一般財団法人（非営利型）、一般社団法人（非営利型）、公益財団法人、公益社団法人、社会福祉法人についてガバナンス評価・認証制度があるようです。
（一財）非営利組織評価センター（Japan Center for NPO Evaluation）
法人化前の事務局は（公財）日本財団と（一財）社会的認証開発推進機構。（一財）非営利組織評価センターの本店は（公財）日本財団ビル内にあり、設立発起人に両法人が入っていることから、運営体制も変わらないのではないかと想像します。
（公財）日本財団
https://www.nippon-foundation.or.jp/
（一財）社会的認証開発推進機構
内部運営と情報公開のサポート、評価、認証を目的としているようです。
ベーシックガバナンスチェック制度とグッドガバナンス認証の違い（HPより）。
ベーシックガバナンスチェック制度では、非営利組織として組織運営が法令や定款通りに適切に行われているかという視点で評価を行います。一般的な非営利組織であればどの団体でも評価を受けていただけるものとなっています。グッドガバナンス認証制度では、JCNEが独自に定めた組織運営の目標水準に達しているかどうかの視点で評価を行います。特に組織運営をしっかり行い、広く寄付や支援を求めている団体が活用されています。
有効期間 ３年 料金 現在は普及期間として無料
ベーシックガバナンスチェックリストの項目（２３項目）
第三者評価
・ガバナンス
１ 法令および定款に則って代表者および役員（理事3人以上、監事1人以上）を選任または解任している。
理事3名以上は求められているようですが、理事会の設置は要件ではないようです。解任は間違いだと思われます。
2 定款に基づく役員会（理事会、運営委員会等）を年に2回以上開催している。
年に２回は最低限というところでしょうか。理事が３名以上の法人になると、１か月に１度は会議を行っているという印象があります。
3 社員総会（評議員会）を年に1回以上、実際に開催している。
法令通りです（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律３６条、特定非営利活動促進法第１４条の２）。
4 役員会および社員総会（評議員会）の議事録を定款および法令に基づいて作成している。
法令通りです（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律５７条、特定非営利活動促進法２９条。）。
5 1事業年度において、役員会（理事会、運営委員会等）または社員総会（評議員会）で、法令および定款で定める事項の他、以下の内容の審議を行っている。
（１）事業計画・予算計画・事業報告・決算報告（２）役員の報酬に関する規程
役員報酬規程は、毎年度において審議事項になる。収入のうち、寄付や会員の会費などがあることから、お金の用途に関しては法人外部に説明できるように、ということだと思います。
6 監事は監査を行っている。
7 直近の登記事項を登記している。
ここまでは、議事録、履歴事項証明書などを提出して比較的第三者評価がしやすい項目になっていると思います。
・情報公開（８は第三者評価、9以降は自己評価）
８ 法令で定められた書類を事務所に備え置き、閲覧可能な状態にあるとともに定款、役員名簿、事業計画、事業報告書、会計報告書類、役員報酬をウェブサイト上で公開している。
会計報告書類と役員報酬のウェブサイト公開がある法人とない法人では、事業計画や事業報告書などと違い、数字は動かせないので信頼度は違ってくると感じます。
９ 組織の所在地および問い合わせ方法をウェブサイト上で公開している。
公開されていない場合は、不安になる項目です。
10 寄付者・支援者等に事業の成果を報告している。
一度NPO法人に寄付をしたことがあるのですが、事業報告書と会計報告書類が送られてきました。正直なところ、あまり興味がなくこういうのはメールなどで良いのかなと個人的には感じて、以降寄付などはしなくなりました。寄付者、支援者はどのような理由で支援をしているのか、少し考える必要があるのかなと思います。私の場合は、身寄りのない方の成年後見人になって、本人が亡くなった後、報酬の一部を関連するNPO法人に寄付しました。
・組織の目的と事業の実施
11 組織の目的と事業を文書化している。
定款に記載、別途文書化するなどの方法を採るのかなと思います。
12 非営利型法人である。
13 組織の目的に沿った単年度事業計画を策定している。
14 事業の対象となる社会的ニーズや課題を多様な関係者からくみ取る仕組みがある。
年度に一度、アンケートを取る、評議員会を設置などでしょうか。
15 各事業の定期的な振り返りや見直しを行っている。
議事録や、シートなど残る記録が必要なのだと思います。
・コンプライアンス
16 税金を滞納していない。
17 個人情報保護に関する規程を定め、取得目的を明示している。
・事務局運営
18 会計に関する専門知識をもった担当者またはアドバイザーがいる。
19 現金の取扱い・資金管理に関して複数人によるチェック体制がある。
20 法定保存文書の保存をしている。
１６から２０までは、１６、１８，１９，１７、２０の順番の方が分かりやすいのではないかと思います。
21 雇用契約書等で雇用条件の提示を行っている。
22 職員の就業状況を把握し、管理している。
23 労働保険に加入している。
雇用をしている場合です。ざっとですが、項目を読む限り税理士、雇用がある場合は社会保険労務士が必要だと感じました。