商業登記規則第１０２条第５項第２号（他の法令において準用する場合を含む。）に規定する法務大臣が定める電子証明書について
法務省HP ２０２０年６月１７日閲覧
第３ 電子証明書の取得
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji60.html#05
- 添付書面情報作成者が印鑑提出者でない場合
- 添付書面に市町村の印鑑証明書が必要とされているもの・添付書面に認証者の認証が必要とされている場合の，認証者に関するもの
上の２つの条件を満たす場合、下の企業が提供するクラウド型電子契約サービスを利用することが出来ます。
・「Cybertrust iTrust Signature Certification Authority」
（サイバートラスト株式会社）
（弁護士ドットコム株式会社が被認証者になっているものに限る。）
https://www.cloudsign.jp/media/20200615-syougyoutouki/
・「GlobalSign CA 2 for AATL」
（ＧＭＯグローバルサイン株式会社）
（添付書面情報作成者本人又はＧＭＯクラウド株式会社が被認証者になっているものに限る。）
私は未だ利用したことがなく、商業登記でクラウド型電子認証の施された取締役会議事録が持ち込まれたこともありません。
サイトを読む限りですが、順序を想定します。
例：取締役会議事録の場合
- 取締役会を開催して議事録を作成する。
- 作成された議事録をPDF化して、１人の取締役が、各取締役のメールアドレスを記載し、サービス提供者に送る。
- サービス提供者は、各取締役のメールアドレスにPDF化された取締役会議事録を閲覧することが出来るURLを送信する。
- 各取締役は、内容を確認後に押印（ワードの文字入り図形のようなもの）する。
- 全ての取締役の押印が完了したら、サービス提供者が電子署名及び認証業務に関する法律による電子署名（オプションとしてタイムスタンプもある）を行う。
- サービス提供者は、自社のクラウド（データセンター・サーバー）に取締役会議事録を保存し、各取締役が確認、保存出来る状態にする。
司法書士に持ち込まれた場合
- 企業から、取締役会議事録とサービス提供者の電子証明書が、メールか印刷された形で提出される。
- 確認後、他に必要な情報があれば作成・収集し、押印か電子署名を求める。委任状には、企業が電子署名及び認証業務に関する法律による電子署名による電子署名を行う。
- 申請用総合ソフトを使用して登記申請する。
というような形になると思います。